Activités du bioinformaticien

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Le métier de bioinformaticien en milieu hospitalier occupe une place cruciale à l’intersection de la biologie, de l’informatique, des mathématiques et des statistiques. Son évolution découle de la nécessité croissante d’exploiter les vastes quantités de données génomiques liées à l’avènement des technologies de séquençage génétique à haut débit. L’analyse de ces données massives a ouvert de nouvelles perspectives dans la compréhension des bases génétiques des maladies et dans leur prise en charge, permettant ainsi une médecine plus précise et adaptée à chaque patient. Son champ d’application englobe désormais la gestion et l’analyse de données provenant de diverses sources, allant de la protéomique à la métabolomique, en passant par les données cliniques et d’imagerie.

Les bioinformaticiens hospitaliers sont des experts multidisciplinaires dont le rôle principal consiste à appliquer et maîtriser les processus d’analyses informatiques afin de fournir des résultats de biologie médicale fiables. Ainsi, les bioinformaticiens peuvent être amenés à réaliser des tâches très variées en fonction de la taille de l’équipe dans laquelle ils collaborent, et du mode de fonctionnement de la structure à laquelle ils appartiennent. Ces tâches vont de la maîtrise des outils d’analyse (voire de leur développement) et des données, à la formation et le management.

Ce document ne décrit donc pas un profil unique de bioinformaticien, mais plutôt un ensemble, non exhaustif, d’activités qu’un bioinformaticien peut être amené à réaliser en fonction des besoins et de ses compétences. Pour élaborer un profil en adéquation avec les exigences de la structure, de l’équipe et de la thématique, il sera ainsi essentiel de sélectionner parmi ces éléments ceux qui peuvent être pertinents.

Vous pouvez vous servir du formulaire ci-dessous pour vous aider à concevoir vos fiches de poste.

1. Développement

Les activités de développement couvrent l’ensemble de la chaîne de développement d’un outil, à savoir la réalisation du cahier des charges en interface avec les futurs utilisateurs, le développement de l’outil selon les bonnes pratiques en vigueur, son intégration dans l’environnement de travail local, sa qualification éventuelle pour une utilisation diagnostique, sa mise en oeuvre et la formation éventuelle des utilisateurs.

2. Analyse de données

L'activité d'analyse de données en bioinformatique est au cœur du processus d'interprétation des résultats. En collaborant avec d'autres professionnels et en apportant son expertise bioinformatique, le bioinformaticien contribue à l’analyse et à l’interprétation des données afin de fournir un résultat de biologie médicale fiable pour le diagnostic.

3. Gestion de données

L'activité de gestion de données occupe une place importante pour les bioinformaticiens, particulièrement dans le domaine de la santé. En collaboration avec les services informatiques, les bioinformaticiens sont responsables de la mise en œuvre du plan de gestion des données (Data Management Plan ou DMP) incluant la collecte, l'organisation (structuration) et de la manipulation des données biologiques (mise à disposition, sauvegarde). Les bioinformaticiens veillent à garantir la qualité et l'intégrité des données au cours du temps.

4. Gestion d’infrastructure informatique

L’activité de bioinformatique nécessite une infrastructure informatique particulière (accès à des serveurs de calcul sous Linux et/ou à des clusters de calcul haute performance). Elle peut être hébergée et gérée par les services informatiques, par les bioinformaticiens ou en coopération (i.e. le bioinformaticien peut être chargé de tout ou partie de la gestion de l’infrastructure informatique).

5. Management

Hormis les activités classiques de management d’équipe ou de projets (communication, leadership, gestion des conflits, développement des compétences…), la particularité des équipes bioinformatiques tient à :

1. la grande pluridisciplinarité des différents interlocuteurs et des tâches à réaliser ;
2. le côté informel de certaines équipes sans réelles hiérarchies avec des personnels de différents laboratoires ;
3. les fortes interactions avec les DSI (direction des systèmes d’information).

6. Support et formation

Le bioinformaticien a un rôle majeur au sein d’un laboratoire de biologie médicale car il permet aux autres personnels de mieux appréhender leur travail au travers de l’usage des données biologiques, parfois massives, comme celles issues de séquençage haut-débit (NGS). Il aide à la résolution de problèmes techniques et partage ses compétences avec l'équipe médicale pour qu'elle comprenne l'analyse bioinformatique. Ainsi le bioinformaticien doit faire une veille technologique importante afin d’anticiper d’éventuels besoins. Le support et la formation des équipes bioinformatiques, biologiques et cliniques contribuent directement à améliorer le diagnostic.

7. Qualification et accréditationn

La qualité des résultats rendus lors des examens de routine diagnostique de biologie médicale doit être garantie. Les analyses sont soumises à des normes strictes et régulièrement évaluées en vue d’une accréditation initiale ou d’un renouvellement d’accréditation. L’analyse bioinformatique étant une des briques essentielles de la partie analytique, elle est soumise à ladite accréditation. Les bioinformaticiens participent donc au processus de qualification de leur propre activité et apportent leur aide aux équipes de biologie pour la réalisation des dossiers de validation de méthode des différentes équipes avec lesquels ils collaborent.

8. Accompagnement à la recherche

L'activité d'accompagnement à la recherche est généralement une activité annexe pour le bioinformaticien travaillant dans le domaine du diagnostic. En collaboration avec les biologistes, le bioinformaticien participe aux réunions préparatoires des projets de recherche pour définir les besoins bioinformatiques, réaliser la conception et la mise en œuvre de l'analyse bioinformatique, présenter et discuter des résultats et enfin contribuer à la rédaction d'articles scientifiques. Une partie du travail produit dans le cadre de la recherche est potentiellement intégrée par la suite dans les pipelines diagnostiques.