Le métier de bioinformaticien vu par les biologistes

Le sondage est toujours actif, les données décrites ici ont été extraites en décembre 2023 et présentées lors des Assises de Génétiques 2024

Les laboratoires de biologie médicale ont commencé à intégrer des bioinformaticiens depuis le milieu des années 2000. Les besoins dans ces services ont évolué et aujourd’hui, la bioinformatique est indispensable pour le traitement de données biologiques telles que le séquençage de l’ADN et de l’ARN, la modélisation moléculaire ou encore le traitement d’images.

Afin de mieux comprendre les besoins et le métier de bioinformaticien en contexte hospitalier, l’association BioInfoDiag a lancé différents sondages. Près de 90 réponses ont été obtenus de la part de biologistes médicaux, ce qui nous a permis d’avoir une première représentation nationale de la vision et des besoins en bioinformatique parmi eux.

Le profil des biologistes

Les biologistes qui ont répondu à notre sondage représentent un éventail diversifié d’activités de diagnostic en biologie médicale. La majorité d’entre eux se concentre sur les maladies rares ou l’oncologie. À noter que près de 40 % des répondants déclarent des activités multiples, voire une expertise sur l’ensemble des secteurs. Par ailleurs, quelques-uns se spécialisent dans des domaines spécifiques tels que le diabète, les maladies cardiovasculaires ou les troubles du développement.

Près de la totalité des personnes interrogées travaillent sur des données issues d’ADN, et plus de 60 % sur l’ARN. Moins nombreux, certains explorent le diagnostic à travers la protéomique, la métabolomique, la méthylation ou encore la lipidomique. Ces données représentent vraisemblablement de nouvelles analyses à développer à court ou moyen terme. Une très grande majorité, 86 %, des biologistes médicaux ayant répondu travaillent actuellement dans le secteur public, principalement dans les CHU (Centres Hospitaliers Universitaires), et la plupart des répondants du secteur privé travaillent dans les CLCC (Centres de Lutte Contre le Cancer).

Comme attendu, la quasi-totalité des biologistes ayant participé au sondage travaillent en contexte diagnostique, et près de la moitié d’entre eux ont également une activité de recherche translationnelle complémentaire.

Il est notable de constater que l’auto-évaluation des biologistes en bioinformatique atteint une note moyenne de 2,2/5, ce qui témoigne a priori d’une connaissance relative dans ce domaine. La majorité d’entre eux a par ailleurs suivi une ou plusieurs formations dans ce domaine, allant d’un diplôme universitaire à une thèse, en passant par des masters. Cette observation marque l’intérêt porté à la bioinformatique, avec la nécessité de maîtriser l’analyse pour pouvoir établir un diagnostic fiable.

La bioinformatique dans les labos

La bioinformatique est déployée dans les laboratoires par différents moyens. Initialement externalisée dans la quasi-totalité, elle est aujourd’hui majoritairement internalisée, avec un ou plusieurs bioinformaticiens sur site. Les logiciels métiers sont également fréquemment utilisés, et dans certains cas, l’analyse est externalisée auprès d’un prestataire de services (comme Sophia Genetics ou SeqOne).

Sur le terrain, la bioinformatique peut être présente sous différentes formes, quand elle est disponible. Il existe des plateformes de bioinformatique, telles que MOABI à Paris, ainsi que des services mutualisant les compétences et les ressources. Cependant, la majorité des biologistes sondés travaille avec des bioinformaticiens intégrés dans leurs équipes. Il existe également quelques cas particuliers où les biologistes expriment un manque de bioinformaticiens, voire une absence totale de bioinformatique in situ.

Notre sondage a également permis de mettre en évidence qu’environ un cinquième des biologistes sont responsables de l’encadrement d’au moins un bioinformaticien et que plus de 60% des répondants expriment des besoins en recrutement dans ce secteur, près de 90% des besoins étant exprimé à long termes.

Comment le bioinformaticien est-il perçu ?

La perception et la connaissance du métier de bioinformaticien en milieu diagnostic jouent un rôle clé dans la compréhension des besoins futurs des laboratoires en lien avec l’évolution de ce métier. Nous avons cherché à mieux comprendre quels sont les aspects critiques à expliquer au travers de ce sondage, afin de faciliter la communication sur ces points clés.

La bioinformatique semble globalement perçue comme indispensable au fonctionnement des laboratoires, notamment en séquençage haut-débit, mais reste encore mal comprise par l’ensemble du personnel impliqué. En effet, certains aspects techniques sont considérés comme relevant de la responsabilité des bioinformaticiens, tels que la gestion de l’infrastructure informatique ou encore le support informatique dans les laboratoires. Le sondage a également permis de mettre en évidence un manque de communication des bioinformaticiens envers les biologistes. De plus, il ressort d’un certain nombre de personnes interrogées que la bioinformatique doit mieux s’ancrer dans les processus de qualité. Enfin, on note une intention forte de la part des personnes ayant répondu à notre questionnaire de mieux connaître ce métier afin de faciliter les interactions, mieux comprendre les besoins et les activités pouvant incomber aux bioinformaticiens.

Conclusion

Les réponses au sondage expriment un souhait majoritaire de mise en place d’une plateforme de partage et d’échange, notamment de la pertinence d’outils bioinformatiques pour les analyses, à l’aide de notre réseau. De plus, il paraît important, au vu des résultats de ce questionnaire, de mieux faire comprendre les métiers de la bioinformatique.

Nous avons également identifié certains biais dans nos sondages qui ne permettent pas de mettre suffisamment en avant les besoins exprimés par les biologistes. Nous nous efforcerons de corriger ces biais à l’avenir afin de mieux répondre aux attentes des membres du réseau et des différents acteurs de la biologie médicale. Enfin, nous tenons également à souligner le besoin croissant en bioinformatique au sein des laboratoires, avec de nouvelles activités à mettre en place.

Vous pouvez retrouver l’ensemble des productions du GT ici : https://bioinfo-diag.fr/gt-metier