GT RNA-Seq méthodes

Le groupe de travail « RNA-Seq méthodes » a été initié lors du séminaire BioInfoDiag de 2023 à Rouen en réponse à deux constats : d’une part, le développement croissant du RNA-Seq dans les laboratoires de diagnostic sur le territoire français, et d’autre part, la forte demande de formation et d’harmonisation des pratiques chez les bioinformaticiens.

Les travaux de ce groupe de travail ont véritablement commencé à l’automne 2023, et huit réunions ont été organisées en distanciel jusqu’en juin 2024. Les efforts se sont concentrés sur trois axes : l’épissage, l’identification de transcrits de fusion et l’expression différentielle de gènes.

La majorité du travail bibliographique et des retours d’expériences sont terminés, et l’élaboration des recommandations sur les trois thèmes est bien avancée. Il reste à finaliser ces recommandations afin de les mettre à disposition de la communauté.

Un travail est en cours afin de mettre à disposition des membres de BioinfoDiag des jeux de données qui s’avéreront utiles pour l’utilisation de certains outils qui nécessitent des cohortes pour un fonctionnement optimal. Vous êtes intéressé pour continuer ce travail avec nous ? Il est encore possible de rejoindre ce groupe de travail et d’y participer ! N’hésitez pas à nous contacter. À savoir que le GT dispose aussi d’une chaine sur le Discord BioinfoDiag.